Contrairement aux réponses précédentes : lorsque vous utilisez des tomates fraîches, l'une des clés pour éviter la sauce tomate aqueuse (et les sauces à base de nombreux autres types de purées de légumes) est de les amener rapidement à proximité d'une ébullition au début.
Les tomates fraîches contiennent des enzymes naturelles qui décomposent la pectine et d'autres composants épaississants. En chauffant rapidement jusqu'à ébullition (ou presque) au début, vous désactiverez ces enzymes. Réduisez ensuite à feu doux pour préserver les composants de la saveur pendant le reste de la cuisson. Si vous ne faites pas cette première étape, la sauce deviendra aqueuse et vous passerez beaucoup plus de temps à l'épaissir à nouveau par réduction (ou par d'autres moyens).
Pour plus de détails, voir les Q&A here de Kenji Lopez-Alt (où il cite les conseils similaires de Harold McGee sur le même sujet).
(Notez que ces conseils ne s'appliquent qu'aux sauces faites à partir de tomates fraîches. Les tomates en conserve ont déjà été chauffées au cours du processus de mise en conserve, les enzymes devraient donc déjà être désactivées. Les tomates en conserve peuvent simplement être mijotées lentement).