Quel que soit le type de chocolat, il doit être conservé dans un endroit frais et peu humide (sec), à l'abri de la lumière directe du soleil. Il est préférable de le sceller dans un récipient hermétique, car, comme l'a dit ElendiTheTall, le beurre de cacao qu'il contient absorbera les arômes.
Le chocolat noir se conserve pendant des années. Le chocolat au lait et le chocolat blanc dureront beaucoup moins longtemps (quelques mois), en raison de leur teneur en lait.
Le chocolat mal conservé développera une floraison, qui se manifestera par des stries ou des taches blanches ou grises à la surface. Les taches ou les stries sont dues à la séparation de la graisse de beurre de cacao et sont le signe que le chocolat a perdu son caractère. Ce type de chocolat convient toujours pour toute application où le chocolat sera entièrement fondu (la plupart des cuissons). Il peut même être utilisé comme chocolat de base (sans graines) pour le tempérage avec la méthode des graines, mais il ne doit pas être utilisé pour la fabrication d'autres bonbons.